In der Gemeinde Weiden am See lassen sich Siedlungsspuren bis in die Jungsteinzeit zurückverfolgen; hervorragende Funde wurden im Bereich der Grenzgasse gemacht. 1944 stieß man beim Ausbau des Südostwalles auf einen Siedlungskomplex der Badener Kultur, auch die "Kulturgrube" von Weiden am See ist eine interessante Fundstelle. In der Ried "Unterfeld" wurden zwei Gräber mit Beigabengefäßen der frühbronzezeitlichen Wieselburger Kultur entdeckt. Bei diesen Grabungen kam auch eine bedeutende Menge römerzeitlicher Fundstücke zum Vorschein. Eine weitere frühbronzezeitliche Nekropole befindet sich an der Gemeindegrenze zu Neusiedl am See. 1939 wurde ein reiches römisches Grab mit einem Steinsakrophag aus dem 2. bis 3. Jh. n. Chr. freigelegt.
Weiden am See scheint im Jahr 1338 erstmals in einer Urkunde mit der Bezeichnung "Weyden" auf. Der Name wird übereinstimmend vom mittelhochdeutschen "bi den Widen" (bei den Weidenbäumen) hergeleitet.
Bis zum Jahr 1413 war der Ort im Besitz des Preßburger Domkapitels. Von 1413-1848 gehörte Weiden am See als einziger Ort auf dem Gebiet des heutigen Burgenlandes zum Besitz des Raaber Domkapitels (heute Györ in Ungarn), das über ansehnliche Besitzungen im westungarischen Raum verfügte. Im Jahr 1824 ließ das Raaber Domkapitel einen Schüttkasten für die Getreidelagerung errichten, der heute zu den bedeutendsten Sehenswürdigkeiten der Gemeinde zählt. Durch seine zentrale Lage bot sich Weiden am See als hervorragender Standort für den herrschaftlichen Getreidehandel an. 1842 wurde der herrschaftliche Gutshof "Neuhof" errichtet, der sich ungefähr um das Gebiet der heutigen "Pusztakapelle" erstreckte.
Bereits 1588 hatte Kaiser Rudolf II. der Gemeinde das Marktrecht und ein eigenes Wappen verliehen. Der Weinbau war schon damals vorherrschender Wirtschaftsfaktor in Weiden am See und verzeichnete in der 2. Hälfte des 16. Jahrhunderts einen nie dagewesenen Aufschwung, der im 17. Jahrhundert seinen Höhepunkt erreichte.
In den Jahren 1947 bis 1949 setzte trotz Schwierigkeiten bezüglich der Materialbeschaffung eine rege Bautätigkeit in Weiden am See ein. Die guten Weinernten und der annehmbare Weinpreis lösten diese erste Bauwelle aus. 1956 wurde dieser Bauboom durch Missernten etwas gebremst. In diesem Jahr beantragte Bürgermeister Denk sen. den Ausbau des Seebades. Damit setzte die agrarstrukturierte Gemeinde den ersten Schritt zur Entwicklung einer Agrar- und Tourismusgemeinde.